打回辽东去的蒙古亲贵人数最少，想要在土默特川定居下去的者仅次于想要继续西迁的蒙古亲贵。之所以想要西迁的蒙古亲贵人数最多，一方面是他们希望能够远远避开后金军队的骚扰，后金军队想要进攻青海就要通过明国的甘肃、宁夏两地，因此他们想要追击到青海大约是不太可能了。
另一方面则是察哈尔部被右翼部族联军同明军联手击败，明人又继续在经济上封锁察哈尔部据有的归化城的话，察哈尔部不仅没有达到西迁的目的，远离战火，休养生息。还需要同时面对后金、蒙古右翼各部和明人的敌对，这显然比在辽东时更为不利。
反倒是迁往了青海之后，察哈尔部还能通过藏巴汗的关系获得一些物资上的支援。现任的藏巴汗噶玛丹迥旺波，为了抵抗格鲁派同卫特拉蒙古的联盟，已经数次派人同林丹汗进行了接触，试图和他结盟共同反对黄教。
黄教，也就是格鲁派早在万历六年就同土默特俺答汗在西海之畔的仰华寺结成了神圣同盟。俺答汗尊索南嘉措为圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛，而索南嘉措则称俺答汗为忽必烈的化身，以忽必烈的尊号赠俺答汗。
因为有着这层关系，所以漠南蒙古右翼和左翼三万户信奉黄教的部众极多，而四世达赖云丹嘉措就是俺答汗之曾孙。
林丹汗是布延彻辰汗的长孙，而布延彻辰汗就是被俺答汗所逼迫，被迫迁往辽东的蒙古各部宗主察哈尔部的首领。
也就是说，林丹汗如果承认了黄教，无疑就是等于认同了俺答汗同黄教的神圣同盟，认可了俺答汗是忽必烈的化身，土默特部便享有了同察哈尔部相等的地位，这对于林丹汗来说是不可接受的存在。
因此藏巴汗噶玛丹迥旺波提出的反黄教同盟建议，自然也就迅速打动了林丹汗。但是格鲁派在漠南蒙古中的势力实在是太过强大，即便是此前林丹汗在沙尔呼图克图的劝说，改宗信奉红教，也没能对漠南蒙古各部的黄教信仰造成多少打击，反而使得信奉黄教的蒙古各部对他产生了不满。
林丹汗并不认为这是自己突然改宗的问题，反而觉得这是同俺答汗结好的黄教僧侣对自己的示威行动，因此对于黄教就更为深恶痛绝了。
不过鉴于黄教势力在漠南蒙古各部的盛行，林丹汗也不敢轻举妄动，公开对黄教势力进行打压。他自己是倾向于留在土默特川进行休养生息的主张的，毕竟河套地区乃是漠南蒙古最为中心的根据地，只有掌握了这里才可以真正拥有统一蒙古各部的人力、物力和号召力。
失去了河套地区的蒙古部族，很难让人信服是蒙古各部的宗主。就如同当年把察哈尔部赶去辽东之后，土默特部就成为了事实上的蒙古宗主部族。漠南蒙古和漠北蒙古各部都遵从于俺答汗的命令，而不再是拿着蒙元传国玉玺，证明自己是蒙古最高统治者的彻辰汗。
但是对阵蒙古右翼联军和明军的失败，和明人对于归化城的封锁，加上这两年归化地区流行的天花等疫病，使得林丹汗也对继续留在归化有些迟疑不决。
不过就在林丹汗认真考虑，是否要西迁青海，先击溃西藏的黄教势力，从而取得对于蒙古各部部众信仰的控制权力时，击败了察哈尔部的明人却派人向他们谈论议和的事情。
在战争中取得了胜利的明人表示愿意继续支付察哈尔部的市赏，暂时也不会要求他们退回辽东去，但是要求察哈尔部同右翼各部休战，各自划定放牧区域等等条件。虽然对比起之前林丹汗要求接收右翼各部的市赏条件要差上一些，但是却总算可以让他有足够的财物用来犒赏部众了。
签订了和约之后，明人不仅主动提出了愿意继续租借土地进行耕种，并继续在归化城进行贸易，而且还雇佣了不少察哈尔部的人员运输货物前往漠北和林中地区进行贸易，另外还派出了大夫在蒙古各部中传授了避天花的法子。
在明人的帮助之下，察哈尔部总算是在土默特川站住了脚步，也恢复了一些西迁时损失的元气。林丹汗虽然觉得明人的态度有些软弱，但是他也不会在这个时候去破坏同明人的关系，只要有个三到五年时间的发展，他认为就算是明人同右翼各部再联手，也无法把察哈尔部从归化城驱逐出去了。
然而他的好消息还不止这些，察哈尔部在归化城的日子正蒸蒸日上的时候，后金的军队终于不再咬着他不放了，转而绕道去攻击明国的关内地区去了。
明人随即派出了使者向他求援，请求他派人去抄截这只军队的后路，并承诺俘获的蒙古人口均归于察哈尔部。但是林丹汗却有些迟疑了起来，老实说他现在真不想去招惹那些女真鞑子。而且明人同后金打个你死我活，倒是能够给他更多的时间用来休养生息，因此他借故晾了那位大明使者几日。
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