台湾北港位于现在被改称为北港溪的右岸，这座新建的港口城市，是以曾经的海盗据点为基础改建的。
当初作为海盗的据点，北港还是比较适宜的，因为北港溪入海口这段河道不但迂回，而且分成了许多分岔，除了少数几条可以通航之外，大多数都已经淤积成了浅水沙洲，不熟悉此地情况的船只很容易就会搁浅。
而北港码头又是一座内河码头，它距离海岸线还有1公里之远，入海口的沙洲和岸边都生长着茂盛的红树林。从海岸线往里望去，很难发现这里有一条可以入航的河流。因此它的隐蔽性远远超过了，更南面的大员港。
当初便是因为这一点，海盗们才把自然条件更为优越的大员港让给了荷兰人停泊船只，而给自己保留了北港。
但是当十八芝海盗集团被招安，北港成为大明在台湾的官方港口，也是郑芝龙设想中的大陆货物转口港时，北港先天不足的毛病就开始暴露无遗了。
北港溪终究是一条溪流，而不是河流。北港以下地段虽然可以通航，但是北港以上部分却因为水浅流急，而不能用于航运。
而且北港溪有着台湾大多数河流共同的毛病，流程过短，上游暴雨则下游洪水，旬月不雨则溪流干枯难以浇灌两岸开发出来的田地，甚至能够影响到下游港口的船只停靠。
最让人头痛的，还是洪水泛滥时从上游携带下来的沙土，不断的淤积在入海口，形成了大大小小的沙洲，妨碍了港口的扩大工程。
因此虽然此地开发较早，附近已经开拓出了10多个汉人移民村寨，维持港口的人力和物力并不缺乏，但是郑芝龙对于此地依旧不怎么看好。
就算是修建扩大港口和清理航道，也是犹豫不决，三心二意的。在郑芝龙看来，北方的鸡笼港、南方的大员港，才是台湾最为出色的优良港口，可以停泊欧式的大船。在次一些，则北面的淡水河也算是不错的内河航运码头修筑点。至于北港码头，投入巨大而回报却远低于以上这些港口。
不过，北方的鸡笼港和淡水河区域才开始从大陆移民，此地还处在当地土人的控制之下，想要将两个港口开发出来，投入的时间和资源必然是非常惊人的，光靠他的力量是完成不了这样的投入的。
更不必提，台湾北部已经被台湾拓殖公司所预定，有许心素的推波助澜，加上内府和北方各家商绅在背后出力，就算是他这个台海巡阅使也不敢去动这些人看上的猎物。
只有南方的大员港，虽然皇帝同荷兰人签署了贸易协定，让双方之间因为贸易而激化的矛盾缓和了下来。但是在协议里已经注明了，整个台湾岛都属于大明的领土，荷兰人所占据的大员港只能作为租借地。
因为这项贸易协议的签订，荷兰人不得不暂时停止了，在一鲲鹏上修建要塞的工程。虽然在郑芝龙派出人员的监视下，荷兰人的要塞并没有完全停止，他们以内部修建人员住所的名义，依然还在偷偷施工，但是进度之缓慢，就连郑芝龙也没有放在心上了。
大员港现在又被称为安平港，它原本是一处天然的海湾，因为外部有七块大小不等的沙洲阻隔，因此成为了台湾南方一处犹豫的港口。而想要进入这处海湾，必须经过鹿耳门。
鹿耳门是安平港西南沙洲群中最大的潮汐口，因受海潮冲蚀，遂成出入大湾的重要港道。港道迂回曲折，底部坚石堆积，暗礁盘结，大船不易通行，素有＂天险＂之称。
荷兰人修建的热兰遮城就在鹿耳门东面的沙洲上，扼守着这条进入海湾的航道。这座城堡开始建设之前，不过是一座简单的砦城。原先荷兰人并没有看上这里，他们更属意于台湾岛和大陆之间的澎湖群岛。
不过1624年荷兰人同明军激战了8个月，最终被明军围困于澎湖岛上，在李旦的出面调解下，荷兰人同指挥明军的福建官员终于达成了一个约定。
荷兰人放弃澎湖群岛上的基地，而中国人不干涉荷兰人在台湾的行动。正是在澎湖群岛受挫之后，荷兰人才意识到了自己的力量局限性，开始转身经营起了大员港。
以一鲲鹏上的砦城为基础，开始兴建奥伦治城。把城堡取名为奥伦治城，这是为了向伟大的奥伦治家族致敬。但是在1625年拿骚的莫里斯去世之后，国内的共和派再次占据了上风，现在的巴达维亚总督就是一位共和派。
因此在他上任后的第一件事，便是把奥伦治城改名为了热兰遮城。在荷兰人的规划中，这座要塞城堡，分成内外两城，内城形方，共筑三层，最下层位于地面以下，作为物资储备仓库。
由于要塞的规模过于宏大，经历了数年的建设后，热兰遮城也仅仅完成了地下部分和外城的一部分城墙。但是从外面看去，这座城堡已经开始初见气势了。特别是内、外城四角的棱堡已经完成了三分之一，上面安置的大炮已经能够威胁到通过鹿耳门的船只了。
这座控制着安平港的要塞，让郑芝龙极为垂涎。他觉得只有这样的要塞，才配得上他嘉义县男及台海巡阅使的身份。
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