但是当他被提拔到户部掌管通州库房的主事位置之后，看着往日的同僚上司现在在他面前俯首贴面，不敢稍做颜色时，他的心里突然涌现出了一股想要做些什么，以获得皇帝认可的事情来了。
他兴致勃勃的按照自己的经验和认识，并结合了内府给出的管理办法，重新设定了户部库房的管理制度和监察办法。把一个混乱不堪的户部通州库房，迅速改变了模样。
他的功绩果然被皇帝看在了眼中，再次获得了皇帝的嘉奖。但是，李昌时也同样感受到了，户部那些科举出身官员的嫉妒和鄙视，认为他不过是一个侥幸成功的卑贱小人而已。
这些官员的议论和鄙夷目光，显然让李昌时大受刺激，他迫切的希望能够获得再次的成功，从而堵上这些虽然位居高位，但是却并没有什么经济才能的正途官员的嘴。他想要证明，虽然他不过是一名小吏出身，但是在办事能力上面完全对得起自己的官职。
当皇帝要求户部整理出一份植棉兴业计划时，他便绞尽脑汁的写出了一份，自认为可行性最高的计划，以此来同那些科举出身官员拟定的计划进行比较，想要以此来粉碎那些官员加诸于他身上的种种不实言论。
不过当计划交上去之后，心情开始平静下来的李昌时才发觉，他为了驳斥那些官员拟定的不切实际的计划，似乎一不小心把皇帝在顺义实施的一些土地改革政策给批评了进去，这让他着实惶惶不安了几天。
当昨日户部郭尚书命人通知他，今天早上要带他面圣后，他一晚上辗转反侧，直到快天亮了才眯了一小会。因为他实在是不敢断定，皇帝今日的召见，对他来说是祸是福。
朱由检看着一进门就噗通跪拜在地上的李昌时，着实也让他吓了一跳。显然这位户部主事还没能完全掌握官员面见皇帝时的礼仪，把昔日充任吏员的习惯带了出来。
朱由检很快便反应了过来，他对着两人挥了挥手，免去了郭允厚和李昌时的行礼，并吩咐内侍给郭允厚设座。
这才对着李昌时平和的说道：“朕昨日看过了你提交的，关于河南、山东等地植棉兴业的计划，朕今日让郭先生带你过来，便是想要亲自听听，你对这份计划书是如何设想的…”
崇祯面色平静的听着李昌时把自己的计划书解释了一遍，还不时的询问了一些计划中不甚清楚的部分。
这场交谈大约持续了一个多钟头，皇帝提出的问题之细致，让李昌时也要时时思考一阵才能回答出来，这也让他感觉压力甚大。
当崇祯觉得已经了解了差不多之后，便吩咐边上内侍先带着李昌时下去了。看着他们走出了门户之后，朱由检才转头对着郭允厚说道：“朕看，户部可以在李昌时拟定的计划书上修改一番，便可以抓紧实施了。
朕只有两个要求，凡是军属、烈属的田地不得擅自圈占，内府会派人监督此事。圈占的有主之田，不得超过圈占荒地面积的15%，要给出合理补偿。户部先设定各县土地的补偿标准，方才允许开始圈占荒地。
另外，户部建立一个专门的部门，用以组织实施植棉兴业计划，就让李昌时负责这项事务好了。”
郭允厚颇为吃惊的看着崇祯说道：“这是不是有些不妥，这李昌时不过是小吏出身，又只是一个品阶较低的主事，让他负责这个计划，地方官员会不会不配合？”
朱由检想了想便回道：“那郭先生便由你亲自担任这个部门的主要负责人，让他担任副职。你挂个名字，事情让他去做。这样，那些地方官员也没什么可说的了。如果他们还有意见，那么就换一个地方官员好了。
这个计划原本就不利于各地的普通百姓，如果再让一个无能之辈去负责实施，到时候恐怕植棉兴业未成，倒是成了地方大户侵占小户人家土地的借口。
李昌时的确是小吏出身，但是他熟悉下情，又是计划的拟定者，比起其他人也更为合适实施这个计划。这件事就这么定了吧。”
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