于是众人便把注意力集中到了船钞和保证金的问题上来了，对于这两个问题，朱由检也感觉有些为难，船钞的收取虽然高，但是他也只能收到三分之一而已，另外三分之二则是用来贴补给被招安的海盗们的。
由于改变了征收方式，因此今年的船钞数目比起往年是大大的增加了。但是对于这些海商们来说，显然就有些受不了了。虽然因为十八芝海盗集团的被招安，海上的安全大为好转，让他们节省了不少费用。
但是往年在海上遇到海盗不得不上供，这种损失他们是无法反抗的，因此也无法抗议。但是今年就不同了，这些钱全被皇帝给收走了。这些商人顿时就感觉到肉疼了，他们不敢向海盗抗议，但是对于向皇帝抗议，他们倒是蛮心安理得的。
一来，他们自认自己已经交过税了，自然就不应该把船钞的征收标准提到从前的10多倍。二来，在东林党人的宣传下，天下人都觉得商人交税似乎就是不应该的，而皇帝亲自派人征收税款，就更是脱离了治国正道，是搜刮民财。
虽然崇祯是不认同这些商人所说的见鬼的理由，但是这些商人抗议归抗议，并没有以行动来抗税，这个态度还是比较让他喜欢的。
只要能够收到税，他并不反感让这些商人叫唤两声。不过在明面上，他也并不打算硬顶这些商人，免得他们倒向那些顽固到顶的，坚持海禁的缙绅豪商那里去。
再说了，他下令按照船只大小征收保证金。200料以下船只，缴纳保证金1000两；200-400料船只，2000两；400料以上的船只，3000两。
400料船只大约排水量260吨，载重130吨左右。大明商船大多数便是载重90-130吨之间的小船，只有极少数2000料的大船，也就是载重650吨左右的大商船。
之所以会出现这种状况，主要还在于船只越大，投入便越大，回笼资金就慢。毕竟除了日本、马尼拉几个少数港口之外，其他近海港口的市场容量有限，一旦运送的货物太多，反而会造成当地市场价格下跌，导致赔本。
这种90-130吨之间的船只，运送的货物一旦到港，很容易就能全部脱手，不必拖延时日等待大客户的光临。另外小船在海上的目标也小，在发现了海盗后容易掉头逃离。
所以南方海关登记收取了675只商船的保证金，其中有432艘是这种百吨上下的船只。而中央银行代收的保证金，光是从这些船主手中就收取了近百万两。
考虑到这一点，他也不好意思对他们过于苛刻了。崇祯想了半天之后，便对着众人说道：“对于你们刚刚说的船税和保证金问题，朕一定会好好研究一下，给诸位一个答复。不过要给朕一点时间，这样吧，明天开会的时候，朕肯定给各位一个答复…”
虽然皇帝没有直接作出答复，但是皇帝愿意回去考虑一下，已经让这些商人们大为兴奋了。
他们觉得，只要皇帝能够对他们提出的请求进行思考，并作出一个正式的答复，都代表了他们这次上京没有白来。
毕竟他们可没想过，这些问题能够一次性就获得解决。他们只是希望能够借此建立一个先例，能够保证皇帝同他们有这样一种沟通渠道就够了。
只要不断的试探下去，他们相信终有一天，皇帝会对此作出让步的。
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