秦士奇日夜兼程赶到固安县，来不及休息就投入工作。当时固安县属顺天府，据《顺天府志》记载，固安城内尸体遍野，“一入宅中，土灰满眼，腥气袭人”，秦士奇“不觉发上而泪下”。据史料载，秦士奇在固安主要做了四项工作。
一是及时安抚百姓，恢复生产。积极招抚逃亡人员，发放仓库存粮，使归乡的百姓迅速安定下来。提取埋藏的库银，酌情给发放给没牛没有种子的人家，及时恢复农业生产。同时上书朝廷免除赋税。
二是重建城防。修筑县城，加宽加深护城河。同时把青壮年的老百姓组织起来，用自己的工资招募精通武艺的人兴办团练。
三是实行枪棍执法，严厉打击犯罪行为。乱世用重典，对于实施犯罪的人员，当场枪棍责打。此举极大地威慑了不法分子，使固安县的社会秩序迅速好转。
四是重视文化教育。秦士奇向学校捐学田，也就是捐给学校田地，学校通过收租金救济贫困的学生。这里插一句，秦士奇在金乡也曾为山阳书院捐地，据《金乡县志》记载，他曾捐“谢家园地三十五亩三分”。另外，秦士奇还组织编写了《固安县志》，在如此艰苦的情况下，秦士奇还分心编县志，可见对文化的热爱。
他在固安县力建“固安十景”，秦士奇为这十景分别写了一首诗，收入了《固安县志》。
《固安县志》记载，仅仅一年的时间，经过秦士奇的治理，固安县便“凶乱俱息”。
瞧，这份履历非常扎实光鲜，有节操、有魄力、有能力。
本来，秦士奇的个人威望空前高涨，朝廷决定给他升官，等候任命。可在这时，秦士奇却因处理一桩陈年旧案得罪了宦官刘侨，刘侨指使锦衣卫构陷秦士奇，最终罢官夺职，下野回乡。
之后一直不闻其名声，不想居然过海来见自已，还带多二个同年，应该有好处给东南府，孙承宗微露笑容。
不久，三位文士被管官引着，直到瓜棚底下，拜见了孙承宗。
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