长孙顺德和侯君集被押到了陈丧良的面前后，经过一番分开审问与当面对质，李渊李大使的交代终于还是得到了证实，始毕可汗确实试图收买过李大使，但起因并非因为李渊的主观恶意，完全就是误会所致，事后李渊也确实当着长孙顺德和侯君集的面烧了那道书信，同时没有任何的暗中与突厥军队的联络之举，也没有任何出卖勤王军队的行为——这点很好证实，如果李渊真想坑掉勤王军队，勤王军队此前就不可能连续取得三场大捷。
本来李渊还有些担心陈应良追查长孙顺德为何向突厥军队出卖太多勤王军情的罪行，好在长孙顺德向突厥军队出卖军情实际上也是出自陈应良的授意纵容，期间还牵涉到陈应良尝试利用长孙顺德坑害李渊的事，陈丧良在这件事上屁股也不干净，所以陈应良很理所当然的选择性遗忘了这个疑点，专而把矛头指向试图逃跑的侯君集，重刑拷问侯君集的逃跑原因与去向，更查问侯君集在暗中是否与突厥军队继续保持联系？
靠嘴皮子吃饭的侯君集身上没几根硬骨头，被阴世师麾下的军法队用鞭子抽了没几下，也就老老实实的交代了逃跑原因，说是他看到李渊父子被陈应良带走的模样奇怪，又看到报国军来迎接陈丧良，觉得情况不对又做贼心虚，就悄悄做好了逃跑准备，再看到陈应良派来抓长孙顺德，屁股不干净的侯君集就赶紧开溜了，又一口咬定说自己不是想跑去突厥报信，而是想逃回幽州老家藏身，此前也从来没有与突厥军队有过任何的私下接触。
侯君集的口供只是孤证，事关重大，陈应良和隋军勤王诸将没有一个人敢轻信，再加上陈丧良非常憎恶侯君集这个变态人奶控的为人，那怕明知道他位列凌烟阁也对他没有多少兴趣。所以陈应良对侯君集也没客气，接受了阴世师的建议，把侯君集继续交给阴世师麾下的军法队，让他们去用各种酷刑收拾侯君集，继续拷问侯君集的口供真假，也顺便为历史上那两位从小到大靠人乳充饥专供侯君集变态折磨的可怜女子提前报仇出气。
至此，李渊暗通突厥一事的调查暂时告一段落，在没有发现李渊叛国投敌罪行的情况下，陈应良选择让李渊父子暂时保住性命，等待将来隋炀帝亲自发落，也直接了当的对李渊和李二说道：“李大使，李二公子，算你们运气好，我暂时不杀你们，但将来皇帝陛下杀不杀你们，那就不是我所能决定的了。聪明的话，接下来就乖乖给我立功赎罪，多立些功劳，也许皇帝陛下还会网开一面，放你们一条活路。如果你们还想耍什么花招，到时候恐怕陛下就算想饶你们的命，也找不到饶恕你们的理由了。”
清楚隋炀帝的狗熊脾气，李渊父子当然知道陈应良这话绝对不是虚言威胁，更知道自己如果不赶紧干几件让隋炀帝满意的事，到时候隋炀帝绝对轻饶不了自己，所以李渊父子也只是连连磕头，叩谢陈应良的宽恕之恩，也赌咒发誓一定要为陈丧良上刀山下火海，赴汤蹈火，那怕粉身碎骨也要将功赎罪。结果这么一来，齐王杨暕就又有些不乐意了，站出来说道：“大帅，就算暂时没有发现李大使的叛国之举，再继续让他执掌兵权，恐怕已经不合适了吧？”
看了一眼不怀好意的杨暕，陈丧良大声说道：“传我帅令，河东慰抚大使李渊因身体不适，无法执掌军队，从即刻起，太原勤王军由李渊长子李建成代为统领，仍打李渊旗号，军中一应大小事务，由李建成代替李渊署理。李渊李大使，暂留中军营地治疗将养。”
“大帅，你……。”杨暕一听急了。
“殿下，请听微臣把话说完。”陈应良不动声色的说道：“微臣斗胆，想请你暂时充当太原勤王军的副帅，帮助李建成将军统领太原勤王军，遇事商量而行，如果出现争执，再由微臣出面协调处置，不知殿下能否降尊纡贵，暂时委屈一下？”
自打与陈应良携手合作以来，杨暕第一次开心的笑了，笑着说道：“勤王大事要紧，为了父皇的安危，本王理当全力协助大帅勤王救驾，请大帅放心，本王会给李建成将军当好副手。”
陈应良点头道谢，这才将自己的这两道人事命令公布全军，借以稳定军心，结果效果也还算不错，听说是李建成接替李渊掌管太原隋军，已经人心惶惶的太原隋军迅速重新稳定下来，李孝恭和许世绪等李渊死党也悄悄松了口气，李建成则是感激涕零，益发卖力的安抚太原隋军将士，陈应良被迫火线换将这才没有造成严重后果。同时因为料定李建成绝不敢与自己抢功的缘故，杨暕也非常满意陈应良的这个人事安排，没再提出过份要求，耐心只是等待首先杀入雁门城勤王见驾的头功。
处理完了太原隋军的事，也把李渊暂时软禁在了中军营地，接下来就该轮到李二和李靖了，对李二陈应良也没客气，直接就对云定兴说道：“云老将军，李世民将军隶属于你的麾下，但现在我的中军需要他，暂时把他留在中军营地，你那边没问题吧？”
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