在准备彻底解决倭国的同时，朱允炆对边镇进行了大调整。
在东北待了两年的开国公常升奉调回京，主持中军都督府；坐镇西北的毅国公平安回京述职后，前往北京坐镇，防止蒙古军南下。
朱棣叛乱被平定后，北平改称北京，北平布政使司、北平都司、北平行都司分别改为河北布政使司、河北都司和河北行都司。
平安到任后，朱允炆命其前往热河上营筑城，取名承德，同时河北行都司改名热河都司（依然隶属河北都司管辖），这很可能会触动周围蒙古部落的神经，所以需要平安这种大将坐镇。
河北都司郭钥奉调回京，担任军机处行走，河北都司由原近卫第一军指挥使张伦接任。
新任热河都司为张瀚北，他就是盛庸麾下有名的悍将——“皂旗张”张悍天，他在平定朝鲜时立下战功，被赐封子爵，但礼部在册封时觉得这个名字有点太那个了，朱允炆知道后也觉得有些不舒服，就将其赐名张瀚北。
原绥远都司宋瑄调任陕西都司，原第五骑兵军指挥使龙凯接任绥远都司。
陕西行都司改名甘肃都司，原近卫第九骑兵军指挥使张辅任甘肃都司，依然隶属陕西都司。
原辽东都司吴升调任朝鲜，任朝鲜都司，海东都司归属其指挥。
辽东都司由第三骑兵军指挥使王忠接任，黑龙江都司由近卫第八骑兵军指挥使熊海担任，吉林都司由安平伯李远担任，辽东都司、黑龙江都司统归吉林都司指挥。
长兴侯耿璇前往东北，接替常升，坐镇长春，辖区包括辽宁、吉林、黑龙江和朝鲜北部。
原湖广都司谭远调任云南，担任云南都司；近卫第二步兵军指挥使曹玉书调任广西，担任广西都司。
原贵州都司何福调任总监察部，担任监察侍郎，庄得接任贵州都司。
除此之外，朱允炆还对情报部门进行了改组，其中情报司改称军情局，隶属总参谋部；安全司改称安全局，隶属皇帝；调查一司、二司改称调查一局和调查二局。
忠贞伯宋承平免去安全局局长职务，调任湖广都司佥事；军情局局长铁无尘调任海东，担任海东都指挥佥事......
......
总之，经过这次调整，老将纷纷调入京师，担任闲职；近卫军指挥使——武学的第一批学员中的佼佼者纷纷晋升为中将，同时晋升为都司，执掌边疆兵权；同时，新一代近卫军指挥使也纷纷成长起来，他们都是武学（现在的陆军大学）培养出来的，文化水平和专业程度上，都有较大的提高。
通过这次调整，朱允炆将军方将领五年调任和士兵七年复员制度化和规范化，最大限度的减少了将领拥兵自重的可能。
......
征倭虽然很重要，却并不是朱允炆的第一要务，他最看重的是开拓东北，当然如今的东北还包括朝鲜在内。
耿璇前往东北，是为了继续整合东北的军队，同时也是为了从侧翼威胁蒙古。
自瓦剌西撤后，蒙古草原的形势发生了很大变化，如今的蒙古已经分为东西两个部分，和林以西为瓦剌，以东为黄金家族属部，首领为祥元汗地保奴。
瓦剌西归后不久，大首领乌格齐病逝。自统一瓦剌四部后，乌格齐的身体一直不好，在地保奴返回草原后，乌格齐自觉不久于人世，所以放弃了与地保奴争雄的想法，率部西归。
继位为大首领的额色库，采纳了国师王行的建议，于建文八年，向明朝派出使者，请求册封和互市。
综合各方面的考虑后，朱允炆派使者册封额色库为“恭睿王”，互市地点设在哈密，不许进入嘉峪关。
同时朱允炆还对茶马互市政策做了调整，除了茶马司之外，允许商人携带茶叶前往哈密交易马匹，但对出关的茶叶和入关的马匹征收重税，用以补贴边防。
得到敕封的额色库非常感激，上表愿意征讨东部蒙古，却被朱允炆拒绝。相反，朱允炆以对大明使者不恭之名，令其征讨帖木儿汗国，同样的征讨令也发给了东察合台汗国。
而帖木儿汗国也正在发生一些变化，皮尔汗虽然打败了自己的弟弟哈里勒，却对远在赫拉特的叔叔沙哈鲁无计可施，偌大的帖木儿汗国正面临着分裂的风险。
为此，皮尔不惜派人向明朝称臣，希望获得明国的支持，但明国的态度很暧昧，没有明确的态度。
建文九年三月，平安离开西北，调任河北。
四月，东察合台汗国首先动手，打着恢复故都撒马尔干的旗号，与帖木儿汗国开战；五月底，瓦剌骑兵绕过天山，从北面对帖木儿汗国发动进攻。
面对严峻的局面，皮尔接受臣下的建议，与沙哈鲁言和，将防备沙哈鲁的兵力调回，与东察合台汗国和瓦剌军队展开了激战，战况一时陷入了胶着之中。
......
而东部的地保奴，则是另外一种景象。
瓦剌西撤后，地保奴刚开始的时候倒是励精图治，战战兢兢。一方面他派使者前往明朝，要求互市，同时约束蒙古骑兵不许靠近明国边关；另一方面，则派人打探瓦剌的动向，唯恐瓦剌卷土重来。
为了征伐倭国，朱允炆同意了其互市的要求，同时尝试册封他为“顺义王”，地保奴倒是想接受，但大部分蒙古部落却坚决反对，只能不了了之。
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