法国人心知军事实力不济，俄国盟友又拒绝施以援手，就算英国舰队能够碾碎德国海军，陆上战事仍将给法国本土带来灾难性的打击。于是，法国人同意作出让步，保证不损害德国在摩洛哥的经济利益，并且提高补偿条件。
法国方面让了步，英国对此也予以默认，德皇威廉二世遂令外交部门重启与法国的谈判。经过数周的努力，德法两国基本达成一致，德国率先撤走了在阿加迪尔停留多时的“柏林”号巡洋舰和“豹”号炮舰，法国则在新的摩洛哥协定上签字：两国同意确保摩洛哥主权独立的1906年《阿尔赫希拉斯总议定书》作废，德国承认摩洛哥成为法国事实上的殖民地—法国的保护国，并保证德国在摩洛哥只追求经济利益；法国保证不在关税和贸易自由以及铁路运费等一切方面允许不平等待遇，同时向德国转让法属刚果约6万平方公里的区域，其中包括两处条件尚可的海港，从而使德属喀麦隆殖民地获得了出海口。
对于英法德三国的领导者而言，这是一个皆大欢喜的结果，英法国内的反德情绪也渐渐平息下去，但在德国，民众却对协定内容深感失望。在许多德国人看来，整个国家、整个民族的诉求，甚至不惜一战的有力行动换来的只不过是法属刚果布满沼泽和丛林的落后地区——部分是完全没用的，部分是几乎没用的。这种巨大的落差使得社会舆论纷纷将矛头对准政府，各报纸基本众口一词地谴责德皇和政府软弱，甚至将威廉二世称为“胆怯的威利”！
在德国的帝国国会，各党派也竞相向皇帝和政府发泄不满，就在法德摩洛哥协定签署后5天，帝国国会进行了长达3天的辩论，期间首相贝特曼被迫进行了两次长篇发言为自己辩护，而保守派则强烈谴责政府在摩洛哥问题上的妥协退让，认为此举牺牲了德国的尊严。民族自由党的领袖干脆指责政府害怕战争，称德国人民已经做好了战争准备，但政府和皇帝的怯懦却让人极度失望，他们应该为德国遭到外交耻辱负起全责——每当议员们进行这种指责时，威廉皇储都在座位上鼓掌表示赞同。
“民意”的强烈抨击当然使德国的决策层懊丧不已，以至于让他们暗自下定决定，在下一次“考验”时不再退缩。正如小毛奇对自己的一位朋友所说：如果我们再次夹着尾巴溜走，躲开这类事，如果我们不能奋起提出我们准备用剑来实现的有力要求，那么我对于德意志帝国的前途就要充满怀疑了，我也要辞职，但我首先要建议取消我们的陆军和海军，并把我们置于日本的保护之下，这样我们就能不受干扰地挣钱并变成弱智。
在协约国方面，这场一度濒临战争的危机进一步刺激英法加强军事同盟关系，不久，两国海军就达成了一项极其重要的战略合作协议：英国海军将地中海舰队的主要舰艇编入本土舰队，法国海军则把大西洋上的舰队调往地中海，这不仅加强了英国对德国的海上威慑，更意味着英国承担起了保护法国西海岸的责任——无论法国在什么样的情形下卷入同德国的战争，英国的参战已成必然。
与此同时，在波斯尼亚危机和第二次摩洛哥危机中相互拆台的法国和俄国也意识到了紧密合作的必要性。在英法海军形成战略协作关系的同时，法俄海军也秘密签署了一项协定，规定在战时相互支援，使得两国的全部武装力量被正式的条约绑在了一起。
随着摩洛哥危机宣告结束，紧张了一个秋天的人们终于可以喘口气了，而当他们回过神的时候，却惊讶地发现意大利军队出现在了原属奥斯曼帝国的黎波里塔尼亚和昔兰尼加。原来，当欧洲的注意力几乎都集中到英法德之间的大国冲突上时，意大利人竟然巧妙地钻了个空子，他们以当地意大利人受到伤害为由向奥斯曼帝国索要北非领土，然后以迅雷不及掩耳之势对奥斯曼宣战并发动进攻。一周之内，北非重镇的黎波里和图卜鲁格就落入了意大利人之手，紧接着，意大利军队在胡姆斯、德尔纳和班加西登陆，迅速占领了这些沿海要地，而在向内陆推进的过程中，意大利军队遭到阿拉伯部落军队和来自埃及、突尼斯等地阿拉伯志愿军有力抵抗，尽管动用了飞艇、飞机和装甲汽车，意军进展仍十分缓慢。
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